１２６０年４月、チンギス・ハン（1167〜1227）の孫に当たるクビライ（1215〜94）が、開平府でクリルタイを開き、モンゴル帝国の大ハーンに即位した。この年、朝鮮半島でも約３０年間にわたるモンゴル帝国の高麗侵攻の結果として、クビライに恭順を誓う元宗（1219〜74）が王位に就く。１２３５年から続くモンゴルと南宋の戦いに終止符を打つため、着々と南宋包囲網を築くクビライは、既に雲南の大理国やヴェトナムの陳朝をその軍門に下していた。高麗人の趙彜から日本について聴かされたクビライは、１２６８年、南宋と日本とを討たんと欲し、高麗に大型戦艦１０００隻の建造を命じた。

　１２６８年正月、クビライからの牒状が九州の大宰府に到着し、日本は高麗を征服したモンゴルによって、自国が狙われていることを知った。日本は牒状の内容が無礼だとして、返牒しないことを決定。日本の実権を握る鎌倉幕府は、３月５日に北条時宗（1251〜84）を執権に据えて、徹底抗戦の決意を示した。１２６９年、１２７１年、１２７２年にもクビライからの使節が大宰府を訪れたが、日本は返牒せずとの姿勢を崩さなかった。北条時宗はモンゴル軍の襲来に備えるため、１２７１年９月に九州に所領を持つ御家人に対し、下向して警護に就くように命じ、翌１２７２年２月には「異国警固番役」が発足する。

　一方のクビライは、１２７０年、高麗に駐屯するモンゴル軍を増強し、日本侵攻のための「屯田経略司」とした。１２７１年１１月、クビライは自らの帝国の国号を「大元」と定める。１２７３年６月、使節として訪日していた趙良弼（1217〜86）が元都に帰着し、日本滞在中に探った大宰府周辺の地形や防衛体制をクビライに報告した。日本の外交と海防を専任する大宰府は、６６３年の白村江の戦いの後に築かれた土塁、全長約１．２キロ、高さ約１３メートルの水城によって守られていた。クビライは２〜３万の兵力で大宰府の攻略が可能と判断し、１２７４年正月２日、高麗に日本遠征用の艦艇９００隻を建造するように命じた。

　洪茶丘〈1244〜91）が大船３００隻の造船を担当し、金方慶（1212〜1300）が小船６００隻の造船を担当した結果、１２７４年６月１６日、高麗の使者が燕都に赴いて艦隊の完成を報告。ところが、その２日後の６月１８日に元宗が死去したため、当初７月に予定されていた侵攻計画は、変更を余儀なくされた。８月２６日、かねてより日本侵攻に積極的だった忠烈王（1236〜1308）が高麗王位に就き、９月、朝鮮半島南岸の合浦に、都元帥のヒンドゥと副都元帥の洪茶丘・劉復享が指揮する蒙漢軍２万５０００、金方慶が指揮する高麗軍８０００、水手などの非戦闘員６７００、艦艇９００隻が集結する。元軍を率いるヒンドゥ・洪茶丘・金方慶の３人は、三別抄の乱を鎮圧した際に、珍島や耽羅への渡海作戦を成功させた実績の持ち主だった。

　１０月３日に合浦を出港した元の艦隊は、１０月５日の午後４時頃、対馬西岸の佐須浦にその姿を現す。翌朝、大船７〜８隻に分乗した元兵約１０００が対馬に上陸し、応戦した宗助国麾下の８０騎はことごとく討ち死にする。元軍襲来の知らせは対馬を脱出した小太郎と兵衛次郎によって博多にもたらされ、１０月１７日には早馬が京都の六波羅探題に到着した。一方、元軍は約１週間にわたって対馬を蹂躙した後、１０月１４日に壱岐を襲撃。兵船２隻から上陸した元兵約４００に対し、平景隆率いる１００余騎は樋詰城に立て籠もって応戦したが、翌１５日に攻め落とされ城内で自害した。その後、１６日から１７日にかけて元軍は平戸・能古・鷹島を襲撃し、１０月１９日夕刻、大宰府を目指して博多湾に侵入した。

　今津沖に停泊していた元軍は、１０月２０日未明より上陸して馬に乗り、旗を揚げて攻撃を開始。対する日本軍は、少弐景資（1246〜85）を中心に九州各地の御家人約５０００騎が集結し、息の浜を固めていた。日本軍の主力は博多で元軍を迎撃する作戦だったが、菊池武房・白石道泰・竹崎季長（1246〜1324）など中小御家人の一部は、更に先へと馬を進め、相互に名乗り合って証人となり、高名のために一命を賭して戦った。百道原から上陸した金方慶麾下の高麗軍は、松浦党や原田一族を撃破して赤坂に進軍したが、菊池隊１００余騎に散々に駆け散らされて敗走する。劉復享も夕刻に騎兵１４〜１５と歩兵７０〜８０を率いて博多へと進出したが、少弐景資の馬廻りに狙撃されて負傷してしまう。やがて日没となると、日本軍は陣を解き、兵糧などが貯蔵されている水城に退いた。

　残された元軍は軍議を開き、今後の方針を協議した。高麗人の金方慶は、帰りの船を焼き捨てて戦った孟明視や、背水の陣で戦った韓信（？〜BC196）の故事を例に挙げ、作戦の継続を主張した。しかし、モンゴル人のヒンドゥは、疲弊した元軍が日ごとに増す日本軍と、これ以上戦うことを危険と判断し、撤退を決断する。元軍は結局、大宰府に到達できないまま、博多や筥崎で放火や略奪をおこなったのみで、夜の内に博多湾から出港した。翌朝、日本軍が戻ると、そこには志賀島に座礁した元船１隻が残るのみであった。乗船していた２２０名は全員捕らえられて処刑され、１１月６日には飛脚が京都に到着し、合戦による元軍の撃退を報告した。

　沖合いに出た元の艦隊は、悪天候のために更なる損害を受けた。１１月２７日に合浦に帰還したヒンドゥは、忠烈王とその后に日本で捕らえた童男・童女２００余名を、戦果として献上した。この遠征における元軍の死者や行方不明者の数は１万３５００に上った。

　文永の役の翌年の１２７５年、元の皇帝クビライは、杜世忠と河文著を宣諭使として日本に送り、改めて服属を迫った。４月１５日、宣諭使一行は長門の室津に上陸したが、捕縛された上で大宰府に送られ、８月に鎌倉へと護送される。鎌倉幕府の執権・北条時宗は、前回使節として来日した趙良弼の偵察活動が元軍襲来につながったことから、９月７日に杜世忠ら５名を龍ノ口で斬首した。

　この時期の鎌倉幕府内では、元軍に勝利したことで、日本の方から元に攻め込もうという攻勢論が主流となっていた。北条時宗は、１１月に金沢実政を「異国征伐」のために九州へ派遣し、西国の御家人に対しても翌年３月を目処に朝鮮半島侵攻に必要な兵員や兵船の確保を命じる。しかし、西国の御家人たちが外征の負担を嫌ったために作戦は中止となり、元に対しては、専守防衛で臨むことになった。鎌倉幕府は、異国からの侵略を経験したことで、博多湾周辺住民の保護の必要性を痛感し、海岸沿いに総延長約２０キロに及ぶ石築地を築いて、元軍再来の際には水際で撃退することにした。

　１２７６年正月、首都・臨安の無血開城によって南宋は事実上滅亡し、クビライはその莫大な経済力と海軍力とを手中に収めた。１２７８年、高麗の忠烈王はクビライに、更に造船・積穀し、日本を征服するように進言する。クビライは、南宋から帰順した范文虎（？〜1301）の献策を受けて、取り敢えず周福と欒忠を日本へ派遣することにしたが、この使節も博多で斬首されてしまう。１２８０年５月に范文虎が召されて協議した結果、合浦から出撃した東路軍４万と、明州から出撃した江南軍１０万が、壱岐で合流して日本に侵攻するという作戦が決定。日本征服のための「征東行中書省」が新設され、アラクカンが右丞相、范文虎・ヒンドゥ・洪茶丘が征東行省事に任じられた。

　１１月、高麗は元に、艦艇９００隻、梢工・水手１万５０００、高麗軍１万、３ヶ月分の兵糧１１万石の準備が完了したことを報告した。これに対して元は、翌１２月に忠烈王を征東行中書省の左丞相とし、加えて金方慶を管領高麗軍都元帥として高麗軍の指揮官に任じる。だが、迎え撃つ鎌倉幕府も、朝鮮半島南岸を度々襲撃して情報収集に努めた結果、こうした元側の動きを掴んでいた。１２月８日、北条時宗は元軍の襲来を来年４月と予想し、豊後国守護の大友頼泰に警戒を強めるように下知した。１２８１年４月１８日、元から到着した新簽軍１万５０００を加えて、総勢４万となった東路軍が合浦に集結し、忠烈王の閲覧のもと出陣式をおこなう。前回と同じくヒンドゥ・洪茶丘・金方慶によって率いられた東路軍は、５月３日に合浦を出港して再び大宰府を目指した。

　５月２１日、兵船４００〜５００隻に分乗した高麗兵が、対馬と壱岐を相次いで襲撃し、野山に逃げ隠れた島民を掃討する。６月６日、東路軍は博多湾に侵入したが、既に日本軍約４万が石築地上に居並び、迎撃態勢を整えていたため上陸を断念。やむなく、博多湾上にある陸繋島で、海ノ中道によって九州本土と連絡する志賀島に上陸した。その夜、大矢野種保兄弟と河野通有がそれぞれ兵船２隻で、停泊する東路軍の艦隊を襲撃した。東路軍は、船と船とを鎖で結び合わせて警戒を強めたが、６月８日、今度は陸上から大友貞親らが海ノ中道を通って志賀島を強襲する。翌９日にも繰り返された日本軍の攻撃で東路軍は敗績し、ひとまず志賀島から退いて江南軍の到着を待つことにした。この間、東路軍内では、衛生環境の悪化によって疫病が流行し、病死する者の数が３０００にも達していた。

　６月１３日に東路軍は壱岐へと再上陸したものの、当初合流が予定されていた１５日を過ぎても江南軍は現れない。撤退を口にするヒンドゥと洪茶丘に対し、金方慶は尚１ヶ月分の兵站が残っているとして、江南軍の到着を待つように説得した。江南軍３５００隻は、范文虎と共同で指揮を執る予定だったアラクカンが、直前になって重病のためにアタガイと交代するなど準備に手間取り、６月１８日にようやく慶元を出港。７昼夜の航海によって日本近海に到着すると、平戸に塁を築き、船と船とを連結して防備を固めた。これに対して日本軍は、６月２９日から７月２日にかけて薩摩・筑前・肥前・肥後の御家人が少弐経資の指揮のもと、壱岐東岸の瀬戸浦に停泊する東路軍艦隊を襲撃する。東路軍は、日本軍の攻撃を支えきれず、壱岐を放棄して江南軍が集結しつつある平戸へ移動した。日本軍は尚も攻撃の手を緩めず、島津長久率いる薩摩勢や松浦党が、７月７日に鷹島沖で海戦を迫った。

　ようやく合流を果たした元軍だったが、旧南宋兵から募られた江南軍１０万は、鋤・鍬などの農具を手にした屯田目的の部隊だったため戦闘力に乏しく、戦局打開の糸口が掴めぬまま１ヶ月近くを浪費してしまう。７月２７日に元軍の一部は鷹島へと移動したが、７月２８日、それに気付いた日本水軍が集結し、翌２９日未明まで猛攻を加えた。更に、７月３０日の夜から翌閏７月１日にかけて、九州近海を台風が襲い、江南軍の艦船は壊滅的な損害を受ける。ここに至り元軍の指揮官たちは作戦の継続を断念し、無事だった船を選ぶと、兵１０余万を見捨てて合浦へと帰還した。高麗からは、兵９９６０名と梢工・水手１万７０２９名が日本遠征に参加したが、生還した者は１万９３９７名だった。

　一方、鷹島などに置き去りにされた元兵たちは、張百戸を主師に選び、伐採した木で帰りの船を造ろうとした。しかし、閏７月５日に開始された日本水軍数百隻による熾烈な掃討戦によって元兵２〜３万は捕虜となり、その他は尽く殺される。日本軍の捕虜となった元兵の内、旧南宋の兵は助命されて奴隷となり、それ以外のモンゴル兵・高麗兵・漢兵は処刑され、只３名のみが小船に乗せられてクビライに対する警告として送り返された。

　２度の敗北にもかかわらず、元と高麗は日本の征服を諦めなかった。１２８２年７月、忠烈王は自ら兵船１５０隻を造り、クビライに日本再侵攻の決断を促す。クビライは大小３０００隻の艦艇を造り、１２８３年にアタガイを征東行中書省丞相として、３度目の日本侵攻を計画した。だが、この計画は淮西宣慰使の昂吉児が、兵を休めるように上告したため延期となり、１２８７年からはナヤン・カダアンの乱が勃発する。クビライは遂に日本の征服を果たすことなく、１２９４年正月２２日に病死した。